fito.tab              package:nenhum                R Documentation



Description:

     	Calcula os parmetros fitossociolgicos, frequncia, densidade e dominncia (absolutas e relativas), alm do ndice de valor de importncia (IVI).
 Permite a utilizao de valores de dimetro (dap) ou circunferncia/permetro (cap) do caule para clculo de rea basal, alm da possvel remoo de dados
 relativos a plantas mortas.


Usage:

fito.tab (x, dap= T, rm.mortas= T, col= F)


Arguments:


x	Data frame contendo nas colunas os cdigos das unidades amostrais, nomes dos taxa de interesse e valores de dimetro (dap) ou circunferncia/permetro (cap)
 dos caules. A coluna contendo os cdigos das unidades amostrais deve receber o nome parcelas. A coluna com dados de taxa deve receber o nome taxon e a coluna 
 com os valores de dimetro ou circunferncia do caule deve receber o nome dap ou cap respectivamente. A nomeao das colunas deve respeitar a grafia citada; no
 devem ser colocados acentos nem as aspas.

dap	Permite a realizao do clculo de rea basal a partir de valores de dimetro ou circunferncia (permetro) do caule. O default  a realizao dos clculos a 
 partir de dados de dimetro 

rm.mortas	Permite a remoo de linhas do data frame que contm  dados referentes a plantas mortas(rm.mortas= T, default). Caso haja dados associados a essas plantas 
  possvel mant-los para a realizao dos clculos, neste caso rm.mortas= F. 

col	Permite que o grfico de sada seja colorido ou em tons de cinza, sendo este o default. 


Details:

	 indiferente o nmero de colunas e tipos de dados presentes no data frame de entrada na funo, desde que existam colunas contendo os cdigos das unidades amostrais, 
	os taxa de interesse e os valores de dimetro ou circunferncia do caule. Alm disso, tais colunas devem ser nomeadas da seguinte forma parcelas, taxon e dap ou 
	 cap, respectivamente, sem o acrscimo de acentos ou aspas.
	A coluna dap ou cap  numrica e ser tratada como tal. Para isso, o smbolo . deve ter sido previamente definido como o separador de decimais no data frame de entrada.
	Caso haja indivduos mortos, deve ser escrita a palavra morta (em letra minscula, sem as aspas), na coluna taxon, na linha referente a tal indivduo. Isso permitir a excluso
	desse(s) indivduo(s) dos clculos, ou sua insero nos clculos pertencendo  categoria  de plantas mortas junto com outros indivduos na mesma condio.

Value:
	fito.tab retorna um barplot com os 5 maiores valores de IVI, onde  possvel observar o quanto cada parmetro (De.R, Freq.R e Do.R) influncia o IVI de cada txon. Retorna ainda um 
	data frame com os seguintes parmetros fitossociolgicos calculados:

	De.A	Densidade absoluta  Nmero de indivduos de cada txon na rea amostrada

	De.R	Densidade relativa - Porcentagem com que um txon  encontrado na amostragem em relao ao total de indivduos amostrados (ni/N*100)

	Freq.A	Frequncia absoluta - Porcentagem de unidades amostrais onde foi amostrado um determinado txon (Pi/Pt*100)
	
	Freq.R	Frequncia relativa - Porcentagem de ocorrncia de um txon em relao ao total de ocorrncias (Freq.Ai/?Freq.A*100)

	Do.A	Dominncia absoluta - rea basal total (em m2) que um txon ocupa na rea amostral 

	Do.R	Dominncia relativa - Porcentagem da rea basal total ocupada por indivduos de um determinado txon (ABTi/ABT*100)

	IVI	ndice de valor de importncia (De.R + Freq.R + Do.R)


## onde: 
	Ni= nmero de indivduos do txon i
	N= total de indivduos amostrados
	Pi= unidades amostrais onde o txon i foi encontrado
	Pt= total de unidades amostrais
	?Freq.A = somatrio das freqncias absolutas de todas as espcies
	ABTi= somatrio da rea basal do caule de todos os indivduos do txon i
	ABT= somatrio da rea basal do caule de todos os indivduos amostrados


Warning:

	 imprescindvel a definio do smbolo . como separador de decimais na coluna dap ou cap. Caso contrrio, a funo pode no funcionar corretamente.


Author:

	Anglica Robatino  (rb.angelica@gmail.com)
	Aluna de doutorado pela PG Ecologia  Unicamp - SP
	

References:
	
	Felfili, J.M. et al. Fitossociologia  no  Brasil:  mtodos  e  estudos  de  caso. Viosa: Editora UFV, 2011.
	Martins, F.R. Estrutura de uma floresta mesfila. Campinas: Edunicamp, 1993.

Example:


taxon= sample(c("sp1","sp2","sp3","sp4","morta","sp5","sp6","sp7","sp8","sp9"))
parcelas= rep(c(1:5), each=4)
dap = sample(seq (from = 1, to = 5, length = 10))
cap= sample (seq (from= 5, to= 9, length= 10))
exemplo = data.frame (parcelas,taxon,dap,cap)

fito.tab (exemplo)
fito.tab (exemplo, col=T)
fito.tab (exemplo, dap=F, rm.mortas=F)
